Okupacinei valdžiai grįžus į Lietuvą, LKP tęsė SSKP politiką. Ji pasitelkė represines, teisines, politines, administracines ir propagandines okupacinės valdžios įtvirtinimo priemones, kuriomis rėmėsi įgyvendindama sovietizaciją, kovodama su ginkluotu pasipriešinimu ar santvarkai nelojaliais asmenimis. Visų šių tikslų nebūtų pasiekta be represinių struktūrų – NKVD-MVD ir NKGB-MGB – ir jų taikytų brutalių metodų. LKP ne tik politinėmis priemonėmis legitimavo įvairias represijas, bet ir pati prie to tiesiogiai prisidėjo.

Sovietinės represinės struktūros nenutraukė savo veiklos ir pasitraukusios į SSRS gilumą. Frontui artėjant prie Lietuvos, grįžimui jos ruošėsi dar nepasiekusios Lietuvos. Šios struktūros nesirėmė vietiniais kadrais. Vietiniais ir nepasitikėta, ir nebūta jų tiek daug, kad galėtų efektyviai veikti. 1945 m. balandžio mėn. į LSSR buvo atsiųsta 6 116 darbuotojų, iš kurių 2 783 paskirti į NKVD, o 664 – į NKGB. 1944 m. į LSSR NKVD buvo priimti dirbti 672 vietiniai ir 905 asmenys iš kitų SSRS respublikų, į miliciją – atitinkamai 1 563 ir 1 029 asmenys. Iš viso per 1945 m. LSSR NKVD įdarbinti 4 107 vietiniai ir 2 283 atvykę asmenys, kaip pažymima, daugiausia iš rytinių SSRS sričių. 1946 m. MVD buvo įdarbinta 1,8 tūkst. asmenų, iš kurių tik 789 buvo lietuviai, kiti – rusai. 1944–1953 m. laikotarpiu į LSSR MVD-MGB buvo atsiųsta 10 tūkst. darbuotojų iš kitų sovietinių respublikų, pirmiausia Rusijos, taip pat Čečėnijos-Ingušijos, Turkmėnistano SSR ir kt.

1944–1953 m. NKVD sudarė centrinis aparatas ir jam pavaldūs padaliniai – milicija, kalėjimai, pataisos darbų kolonijos, karo belaisvių stovyklos, vaikų kalinimo vietos, priešgaisrinė apsauga, vietinė priešlėktuvinė apsauga, plentų valdyba, archyvai, NKVD-MVD miestų, apskričių skyriai ir valsčių poskyriai. Jie atliko tiek ideologinio ir represinio pobūdžio funkcijas, tiek vidaus reikalų sistemai įprastas funkcijas. 1944–1947 m. svarbiausia jų vykdoma funkcija buvo kova su partizaniniu judėjimu. Tam buvo pasitelkti kariuomenės daliniai, liaudies gynėjai, vadinamieji stribai, agentūros tinklas. Kovos su banditizmu valdybai (UBB) buvo keliamas uždavinys – operatyvinėmis agentūrinėmis, techninėmis priemonėmis susekti partizanus, jų vadovybę ir juos sunaikinti. 1947 m. MVD UBB perduota MGB ir ji tapo 2N valdyba. Nors MVD jau nebebuvo pagrindinė institucija, kovojanti su partizanais, vis dėlto ji tebevykdė kai kurias represines funkcijas – prižiūrėjo tremtinius ir GULAG’o lagerius. Kova su kriminaliniais nusikaltimais, migracijos kontrolė, įkalinimo įstaigų priežiūra – tokius uždavinius sprendė MVD. NKGB-MGB vykdė žvalgybos, kontržvalgybos ir ideologinės kontržvalgybos funkcijas (kova su išeivijos veikla emigracijoje, antisovietinėmis apraiškomis Lietuvoje ir kt.). Kovojant su ginkluota rezistencija, po 1947 m. vis didesnę reikšmę įgavo agentų veikla. Agentai suvaidino lemiamą vaidmenį sunaikinant partizanus.

Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centras pradeda publikuoti dokumentus apie sovietinių represinių struktūrų NKVD, VRM, milicijos, liaudies gynėjų (stribų), NKGB-MGB nusikalstamą veiklą Lietuvoje 1944–1953 m., atskirų institucijų indėlį, taikytus metodus kovojant su partizanais ar vykdant nusikaltimus prieš taikius gyventojus (žudynes, prisidengus kova su partizanais, kankinimus, trėmimus, masinius suėmimus, įkalinimus ir t. t., agentų veiklas). 1944–1953 m. suimta ir įkalinta 186 tūkst., ištremta 118 tūkst. žmonių, žuvo 20 tūkst. partizanų ar jų rėmėjų. Taip pat publikuojami dokumentai, atskleidžiantys šių institucijų kadrų politiką, jų tautinę sudėtį, masinius nusižengimus ir nusikaltimus, kurių negalėjo ignoruoti net jų vadovybė. Visuomenei tikriausiai bus įdomu sužinoti tautinę NKVD-VRM, MGB milicijos sudėtį ir tai padės išsklaidyti mitą apie jų lietuviškumą. Kitas mitas, plačiai skleidžiamas Rusijoje ir viešojoje erdvėje, yra tai, kad Lietuvoje vyko pilietinis karas ir siautėjo banditai.