1940 m. birželio 15 d. Sovietų Sąjungai okupavus Lietuvos Respubliką, sovietinės valdžios ir saugumo struktūros iš karto ėmėsi vykdyti represijas, kurios pirmiausia buvo nukreiptos prieš buvusias nepriklausomos Lietuvos valdžios struktūras, organizacijas, politines partijas, kariuomenę, Bažnyčią ir t. t. Jos turėjo tiek politinę, tiek ideologinę prasmę. Ideologiškai sovietų propaganda skelbė, kad reikia kovoti su buržuazija ir klasinės visuomenės priešais, realybėje politiškai bijota nacionalinę savimonę turinčių žmonių, keliančių grėsmę sovietų santvarkai ir jos įtvirtinimui.

Jau birželio 15-osios ultimatume Lietuvai SSRS nurodė, kad Lietuva turi suimti vidaus reikalų ministrą K. Skučą ir Valstybės saugumo departamento direktorių A. Povilaitį ir atiduoti juos sovietų teismui. Sovietų kariuomenei įžengus į Lietuvą, čia atvyko Maskvos įgaliotiniai, tokie kaip V. Dekanozovas, pradėjo kurtis saugumo organai, NKVD ir t. t. 1940 m. liepos 1 d. „Lietuvos aide“ atsiranda straipsnis, kuriame sovietinė valdžia kalba apie vadinamuosius „liaudies priešus“ ir Lietuvoje likusius „buržuazinius elementus“, taip pat apie būsimą susidorojimą su jais. Bene iš karto po aneksijos buvo ypač sustiprinta Lietuvos ir Vokietijos sienos apsauga, kad joks nuo represijų besitraukiantis žmogus negalėtų pabėgti iš šalies.

Sovietų valdžiai iš anksto planuojant būsimus suėmimus, iš didžiųjų miestų kalėjimų, pavyzdžiui, Kauno, buvo paleista dalis kriminalinių nusikaltėlių, kad būtų „atlaisvinta“ vietų politiniams kaliniams. Kalėjimai pertvarkyti pagal NKVD nurodymus. Buvo paleisti 525 kriminaliniai nusikaltėliai, kurių dalis vėliau talkino NKVD. 1940 m. liepos 7 d. A. Sniečkus V. Dekanozovo nurodymu patvirtino naujajai valdžiai priešiškų likviduotinų asmenų sąrašą, į kurį įėjo buvę tautininkų, voldemarininkų, jaunalietuvių, krikščionių demokratų, socialdemokratų, šaulių ir kitų organizacijų nariai. Liepos 10–17 d. visoje Lietuvos teritorijoje prasidėjo represijos prieš buvusius politinius ir visuomenės veikėjus bei administracijos pareigūnus, buvo suimti 504 asmenys. Suėmimai buvo vykdomi dažniausiai tamsiuoju paros metu, gyventojų namuose buvo atliekamos kratos, artimiesiems buvo meluojama apie suimtųjų likimą, dažnai teigiant, jog areštas truks viso labo keletą dienų. Buvusiems ministrams, saugumo ir žvalgybos vadovams buvo įvykdytos mirties bausmės, jie sušaudyti Maskvos Butyrkų, Lubiankos ir kituose SSRS kalėjimuose.

Už visų pirmųjų sovietų kariuomenės ir saugumo organų vykdytų siautėjimų Lietuvoje stovėjo SSRS NKVD, kurio didžiule atrama Lietuvoje tapo sovietinė kariuomenė. Represijos buvo vykdomos ne tik prieš lietuvių tautybės asmenis, bet ir prieš buvusius lenkų kariškius, priešiškumu įtartus žydus ir kt. Represijų ypač imtasi prieš buvusius kariškius lietuvius. Lietuvos kariuomenė iš karto buvo išformuota, vėliau inkorporuota į SSRS Raudonosios armijos sudėtį, aukštesnieji karininkai buvo paleisti, o po to bene iš karto atsidūrė suimamųjų sąrašuose. Politiniai vadovai rinkdavo informaciją apie karius, kurią vėliau perduodavo NKVD, bet koks karių nepasitenkinimas buvo slopinamas areštais. 1940 m. rudenį saugumo organai ėmė rinkti informaciją apie „socialiai pavojingas grupes“, buvo užvestos agentūrinės bylos, taip ruošiant dirvą 1941-ųjų masiniams trėmimams į Sibirą.

Pirmiausia sovietines represijas patyrė Vilniaus krašto gyventojai. 1939 m. rugsėjo–spalio mėn. buvo suimti 383 žmonės. 1940–1941 m., iki didžiųjų tremčių, buvo suimti ir apkaltinti politiniais nusikaltimais 6 606 asmenys: 3 835 lietuviai (58,1 proc.), 1 664 lenkai (25,2 proc.), 334 žydai (5,1 proc.), 262 rusai (4,0 proc.). Į SSRS gilumą išvežti 3 665 kaliniai, kurie formaliai vis dar buvo tardomieji, jiems nebuvo pritaikytas joks Sovietų Rusijos baudžiamojo kodekso straipsnis. 1942 m. jiems buvo pateikti kaltinimai pagal 58 straipsnį ir jie buvo nuteisti 5–25 metams laisvės atėmimo, kai kuriems paskirta aukščiausia bausmė – sušaudymas. 568 asmenys Sibire buvo sušaudyti. Į Lietuvą grįžo tik 482 kaliniai, mirė 849 (24,7 proc.), likusieji dingo be žinios.

Organizuotas 1941-ųjų birželio trėmimas pradėtas jau 1940 m., remiantis VKP (b) ir SSRS Liaudies komisarų tarybos 1941 m. gegužės 16 d. slaptu nutarimu „Dėl socialiai svetimo elemento iškeldinimo iš Pabaltijo respublikų, Vakarų Ukrainos, Vakarų Baltarusijos ir Moldavijos“. 1941 m. birželio 14–18 d. trėmimų metu buvo išvežta 17,6 tūkst. žmonių. Tremtis neaplenkė nė vieno visuomenės sluoksnio, bet labiausiai nukentėjo inteligentija. Tarp tremtinių lietuviai sudarė 71,6 proc., žydai – 12,5 proc., lenkai – 11,4 proc., rusai – 1,1 proc. 1941-ųjų trėmimai nebuvo paskutinės masinės represijos iki karo pradžios. 1941 m. birželio 22–27 d. prasidėjus SSSR ir Vokietijos karui, Raudonoji armija traukdamasi iš Lietuvos vykdė civilių gyventojų, suimtų asmenų (apie 700) žudynes Rainiuose, Pravieniškėse, Červenėje. Iš viso būta apie 40 žudynių vietų.

Iš viso 1939–1941 m. apie 23 tūkst. asmenų buvo įkalinta, nužudyta ir ištremta, kai kurių likimas nežinomas. Šios represijos palietė visus visuomenės sluoksnius ir tautybes. Tai kad labiausiai nukentėjo elitas, rodo, jog šiomis represijomis buvo bandoma atsikratyti tų visuomenės grupių, kurios iš principo, o ne dėl konkrečių veiksmų, buvo laikomos naujai kuriamos sistemos priešais.