Miestų bei rajonų padaliniai uoliai vykdė LSSR KGB funkcijas. Jų pasiskirstymas atitiko Lietuvos teritorinį administracinį suskirstymą. 1954–1967 m. veikė KGB miestų ir rajonų įgaliotinio įstaigos, o 1967 m. įkurti KGB miestų skyriai ir rajonų poskyriai. Išskirtinas Vilniaus miesto padalinys, įkurtas tik 1981 m. Iki tol ši teritorija priklausė centriniam LSSR KGB padaliniui. Lietuvoje veikė 5 miestų skyriai ir 44 rajonų poskyriai, prižiūrimi miestų skyrių.

Miestų skyriai ir rajonų poskyriai savo veiklą organizavo pagal kontržvalgybos ir ideologinės kontržvalgybos linijas bei konkrečius objektus (pramonės įmonės, organizacijos, transporto, karinio pramoninio komplekso objektai ir t. t.).

Periferinių padalinių veiklą lėmė jų teritorijos specifika – vietovės ypatumai (pasienio zona, pajūris) ir buvę objektai (svarbios strateginės pramonės, transporto, karinio pramoninio komplekso įmonės, kariniai daliniai), taip pat toje teritorijoje gyvenančių asmenų santykis su režimu (buvę tremtiniai, kaliniai, tikintieji, dvasininkai, turintys giminių, pažįstamų Vakaruose, dirbantys vietinėse švietimo įstaigose ar kituose strateginiuose objektuose bei aktyviai dalyvaujantys antisovietiniame, ypač religiniame pasipriešinime).

Iš viso Lietuvoje veikė 5 didžiųjų miestų skyriai ir 44 miestų bei rajonų poskyriai.