KGB veiklos dokumentai buvo kaupiami KGB archyve, už kurio tvarkymą ir apskaitą buvo atsakingas Įskaitos-archyvų skyrius, nuo 1966 m. vadinamas 10-uoju skyriumi, susidedančiu iš 3, vėliau 4 grupių. Pastebėtina, kad LSSR KGB 1-asis skyrius turėjo savo archyvą, o KGB miestų ir rajonų padaliniai užbaigus bylas privalėjo atiduoti centriniam archyvui, o ne pasilikti sau, tačiau ne visos bylos buvo perduotos.

Šio skyriaus funkcijos buvo:

• KGB archyvo - baudžiamųjų, operatyvinių, agentūrinių, KGB darbuotojų asmens ir darbo bei agentų asmens ir darbo bylų, filtracinių (grįžusių iš nacistinės Vokietijos koncentracijos stovyklų ir kt. patikrinimo bylos), SSRS KGB ir LSSR KGB įsakymų, direktyvinių dokumentų ir kitų bylų susijusių su KGB veiklos organizavimu registracija, apskaita ir saugojimas;
• Bendrosios operatyvinės – informacinės ir teminių kartotekų prie fondų formavimas ir tvarkymas; (123 kartotekos);
• LKP organizacijų prašymų vykdymas, asmenų išvykstančių į užsienio komandiruotes ir turistines keliones, šauktinių į tarybinę armiją ir KGB pasienio dalinius tikrinimas;
• į užsienį asmeniškai vykstančių asmenų ir atvykstančių turistų specialusis tikrinimas.

1989 m. pradėtas KGB archyvo likvidavimas vienas bylas naikinant vietoje, kitas - išvežant į Rusijos archyvus. Už bylų išvežimą, taip pat KGB agentų pavardžių šalinimą, dažniausiai išpjaunant iš dokumento lapo atraižą su agento pavarde, ar išplėšiant visą lapą, buvo atsakingas šis skyrius.

Įskaitos archyvų skyriaus vadovybė

1. Aleksejus Mylnikovas, viršininkas (1954–1966)
2. Stasys Skačkauskas, viršininko pavaduotojas (1961–1966)
3. Aristionas Čelnokovas, viršininko pavaduotojas (1959–1961)

10-ojo skyriaus vadovybė

1. Aleksejus Mylnikovas, viršininkas (1966–1970)
2. Stasys Skačkauskas, viršininko pavaduotojas (1966–1970), viršininkas (1970–1988)
3. Algis Jonas Karinauskas, viršininko pavaduotojas (1985–1988) ; viršininkas (1988–1991)
4. Vilius Vilkuotis, viršininkas 1991 m.
5. Georgijus Podgornovas, viršininko pavaduotojas (1970–1985)
6. Viktoras-Petras Palačionis, viršininko pavaduotojas (1988–1991)

Dokumentų žyma: