1944–1953 m. svarbiausias sovietinio režimo uždavinys buvo kova su partizaniniu judėjimu, kuris tapo rimta kliūtimi vykdant įvairius pertvarkymus Lietuvoje. Lietuvos komunistų partija su iš Maskvos kontroliuojamomis represinėmis struktūromis organizavo ir vykdė kovą su partizanais ir tiesiogiai joje dalyvavo. Jos buvo atsakingos už kovą su ginklu besipriešinančia Lietuvos gyventojų dalimi. Į šią kovą buvo metamos didžiulės pajėgos, taikomi ir derinami įvairūs metodai. Okupacinė valdžia, siekdama palaužti ginkluotą pasipriešinimą, pasitelkė represijas, baudžiamąsias akcijas, terorą, propagandą, agentūrinę veiklą, specialiąsias priemones, tokias kaip legendavimą, tariamus pogrindinius centrus, kompromitavimą, apnuodijimą specialiomis psichotropinėmis medžiagomis. Partizanų ar jų šeimų narių kankinimai, sukeliant dideles kančias, kūno ir sveikatos sužalojimus ar net mirtį, buvo kovos su pasipriešinimu neatskiriama dalis. Fiziniai ir psichiniai kankinimai daugeliui pasipriešinimo dalyvių stipriai palaužė sveikatą, nemažai jų tapo invalidais. Neretai, neištvėrę smurto, kaliniai nusižudydavo arba susirgdavo sunkiomis psichikos ligomis.

 Į kovą su partizaniniu judėjimu buvo metamos didžiulės NKVD kariuomenės pajėgos (1944–1945 m. Lietuvoje buvo sutelkta iki dvidešimties jos pulkų). 1944–1945 m. NKVD vidaus kariuomenei Lietuvoje vadovavo ir specialus Rygoje įkurtas štabas – NKVD vidaus kariuomenės Pabaltijo apygardos valdyba (išformuota 1946 m. gegužės mėn.). Tais pačiais metais vyko ir aktyviausia partizanų kova su represinėmis struktūromis, pareikalavusi didelių partizanų aukų. Tačiau, nepaisant didelių pastangų, NKVD nepavyko greitai palaužti ginkluoto pasipriešinimo, ir tai Maskvai labai nepatiko – apie tai liudija įvairūs dokumentai, raginantys kuo greičiau susidoroti su partizanais. 1944–1946 m. VKP(b) CK priėmė tris nutarimus dėl nepakankamo LKP(b) darbo kovojant su ginkluotu pasipriešinimu. Suvokus, kad karine jėga pasipriešinimas bus sunkiai palaužtas, buvo pradėta įgyvendinti NKVD liaudies komisaro Lavrentijaus Berijos 1945 m. spalio 12 d. direktyva, kurioje buvo nurodyta karinę jėgą derinti su agentūrinėmis priemonėmis, t. y. kurti agentų ir informatorių tinklą, taip pat pasitelkti vietinių kolaborantų paramą. Svarbiausias kovos su pogrindžiu būdas buvo ne tiek ginkluotų pajėgų įtraukimas, kiek antihumaniškų priemonių, tokių kaip šantažas, partizanų šeimų trėmimai, įkalinimai, įkaitų grobimai, taikymas. Taip pat buvo konfiskuojamas turtas, taikomas ekonominis spaudimas, arši agitacija ir propaganda. Buvo persekiojami ne tik patys partizanai, bet ir terorizuojamos, persekiojamos ir tremiamos jų šeimos. Neretai kova su partizanais buvo prisidengiama vykdant represijas prieš lietuvius. Po 1947 m. visos represinės struktūros (vidaus kariuomenė, milicija) buvo sutelktos vienose MGB rankose, ir tai turėjo įtakos slopinimo priemonių ir kovos metodologijos pokyčiams. Nuo 1947 m. MGB ėmė derinti represines priemones su operatyvinėmis ir agentūrinėmis, naikinti partizanus iš vidaus, nes fizinės represijos nelabai pasiteisino. MGB agentūros pagrindu buvo rengiamos visos karinės operacijos ir politinės akcijos.

Agentai smogikai suvaidino ypatingą vaidmenį palaužiant partizaninį judėjimą. Dažniausiai vykdytos smogikų akcijos buvo dviejų rūšių: atskirų partizanų grupių išžudymas ir asmenų, turinčių ryšių su partizanais, provokavimas, ištardymas. Savo žiaurumu ir žudymais jie ne tik įgyvendindavo tiesioginį tikslą pašalinti priešą, bet ir kompromituodavo partizanus bei sėdavo tarpusavio nepasitikėjimą. Agentų smogikų veikla labai vaizdžiai iliustruoja tiek sovietinės sistemos veiklos nusikalstamą pobūdį, tiek veikimo principus. Lietuvoje politiniais tikslais buvo siekta sudaryti klasių kovos regimybę ir parodyti, kad politinė ir ginkluota konfrontacija vyksta tik tarp pačių lietuvių, ir tam buvo suformuotos liaudies gynėjų grupuotės, liaudyje vadinamos stribais.