Po okupacijos ir aneksijos SSKP, remdamasi LKP, sovietinio tipo valdymo struktūromis, okupacine kariuomene ir represinėmis struktūromis, pradėjo įgyvendinti komunistine ideologija (proletarinis internacionalizmas, rusifikacija) paremtus politinius, ekonominius ir socialinius pertvarkymus – diegti nedemokratinį šalies valdymo modelį, planinį ekonominį valdymą, atitikusius ne krašto poreikius, bet tarnavusius Maskvos poreikiams tenkinti, kurti komunistine ideologija paremtą kultūros ir švietimo sistemą, naikinti nepriklausomos Lietuvos paveldą – viską, kas turėjo pakeisti ir žmonių mentalitetą, ir vertybines nuostatas. Tokius radikalius pertvarkymus sąlygojo okupuotos teritorijos statusas, kitokia nei SSRS santvarka, žmonių mentalitetas. Įvairios represinės ir politinės priemonės turėjo sunaikinti nepriklausomos Lietuvos politinius, ekonominius, visuomeninius pagrindus bei žmonių norą priešintis naujajai valdžiai.

Lietuva patyrė ne tik fizinį, bet ir ekonominį terorą. Lietuvos sovietizacija ir ginkluoto pasipriešinimo nuslopinimas nebūtų pavykęs be ekonominių sankcijų, kolektyvizacijos, „išbuožinimo“, tradicinės Lietuvos kaimo ir ūkio sanklodos sunaikinimo ir planinės ekonomikos sistemos įdiegimo. Lietuvos kaimą okupantams buvo sunkiau sovietizuoti dėl individualių ūkių, kurie skyrėsi nuo Rusijos bendruomeninės kaimo sanklodos. Totalitarinei SSRS santvarkai buvo iš esmės nepriimtina privati nuosavybė, nes ji leido žmonės jaustis nepriklausomiems nuo valdžios. Ūkininkai buvo ne tik partizanų atrama, pasipriešinimo dalyviai, bet ir privačios nuosavybės simbolis, trukdęs vykdyti sovietizaciją. Buvo taikomos tiek teisinės ir administracinės, tiek represinės priemonės. Teroras prieš valstiečius vyko keliomis kryptimis: turto konfiskacija, tremtis, ūkių skaldymas ir silpninimas. Ūkininkai buvo kaltinami bendradarbiavimu ir ryšiais su partizanais. Jų sluoksnio naikinimas prisidėjo prie socialinės ir ekonominės sanklodos radikalios transformacijos.

Sovietinė totalitarinei sistemai buvo svarbu ne tik politiniai ir ekonominiai pokyčiai, bet ir siekis užvaldyti žmonių protus – kurti homo sovieticus. Tam pasitelkta ne tik komunistinės ideologijos diegimas švietimo ir kultūros sektoriuje, rusifikacija, nepriklausomos Lietuvos paveldo naikinimas, bet ir naujų vertybių, papročių, švenčių įdiegimas, išsistumiant tradicinis tautines ir religines šventes. Buvo diegiama kontrole ir cenzūra paremta informacijos kontrolės sistema, formavusi tam tikrą vaizdinį apie situaciją Lietuvoje ir pasaulyje. Kova su Katalikų Bažnyčia buvo ne vien tik kova su institucija, kunigais, bet ir kova dėl jos daromos įtakos žmonėms. Nors pasitaikė ir bandymų pasinaudoti Bažnyčia, pavyzdžiui, priverčiant kunigus pasmerkti partizanus. Tie kunigai, kurie atsisakydavo tarnauti valdžiai, buvo represuojami.